Frequências de rádio
140.01 – Salty Catfish / 66 Boys
140.52 – Rock Me Baby / 66 Boys
141.24 – Sea Breeze / Sergei Mantis
142.94 – Pillow Talk / Starry.K
144.06 – Jumpin´ Johnny / Chunk Raspberry
147.08 – Surfing Guitar / 66 Boys
147.59 – Sailor / Starry.K
149.53 – Don´t Be Afraid / Rika Muranaka

Termine o jogo para conseguir:
Fraque (Tuxedo)
Máquina fotográfica (Camera)
Patriota com munição infinita (Patriot with infinite ammo)
Exército de ação único (Single Action Army)

Camuflagem
Vença Ocelot não letalmente: Animals – Pontaria Fixa.
Vença The Pain não letalmente: Hornet Stripe – Não pode ser pego.
Vença The Fear não letalmente: Spider – Troca de energia por força.
Vença Fury não letalmente: Fire – Menos dano com fogo.
Chegue ao final de The Sorrow – Sufoque as pessoas por força.
Vença Volgin não letalmente: Cold War – Russos não atacarão.
Vença The Boss não letalmente: Snake.
Ache todas as 64 rãs no jogo: Stealth Cammo.

Máscara de Macaco (Monkey Mask)
Consiga os cinco melhores tempos em Snake Vs. Ape para destrancar a máscara de macaco (Monkey Mask).

Camuflagem de Musgo (Moss Camouflage)
Ao lutar com The End, se você se mover furtivamente para cima atrás dele quando ele esta adormecido e sustentado, ele cairá tremendo e lhe dará eventualmente a camuflagem de musgo.

Míni-Game pesadelo
Depois da tortura de Snake, você pode salvar o jogo. Se você carregar este save em outro jogo, um mini-game (sword fighting) começará.

Cenas R1 escondidas
1: Durante a animação de Volgin vencendo Tatyana, Boss enviando The Fear para matar você, The End está lá em uma cadeira de roda, etc. Quando The Boss diz: “The Sorrow, is that you?”. Aparecerá um aviso R1, enquanto você está atento em The Boss. Mova a câmera à direita para ver The Sorrow.
2: Quando você matar Volgin no Shagohad e Eva está para beijar você, segure R1. Você não receberá qualquer aviso, mas funcionará. Você vai ver The Sorrow parado no fundo.
3: Depois que você matar The Boss, quando o cavalo estiver lá, segure R1. Você não receberá qualquer aviso, mas funcionará. Você vai ver o espírito de The Boss com The Sorrow.
4: Quando você estiver dando um aperto de mãos com o Presidente, segure R1. Você não receberá qualquer aviso, mas funcionará. Mova a câmera à esquerda para ver Ocelot que faz sua marca de insulto pela janela.
5: Quando Big Boss estiver parado em frente a sepultura de The Boss, segure R1. Você não receberá qualquer aviso, mas funcionará. Você vai ver o cemitério completo.
6: Quando Ocelot está deixando a sala de tortura, aperte R1. Você não receberá qualquer aviso, mas funcionará. Você verá The Boss fazendo o insulto de Ocelot.

Paradoxo do Tempo de Ocelot (Ocelot Time Paradox)
Depois da cena onde você primeiro conhece Ocelot, e o esfaqueia para matar. Quando você o mata, na tela de game over aparecerá uma janela dizendo “OCELOT ESTÁ MORTO.” (“OCELOT IS DEAD.”) Cambell gritará para Snake criar um paradoxo de tempo (time paradox).

A Cena da Prisão (Prison Cut Scene)
Quando o guarda tacar a comida dentro, taque de volta. Depois de fazer 3 vezes, você conseguirá uma cena extra. Ele também lhe dará um item que deverá deixar a fuga um pouco mais fácil.

Cartaz de Raiden (Raiden Poster)
Quando você rouba o equipamento de Raikov em Groznyg Grad quando você esconde o corpo de Raikov em uma sala trancada no 2º andar. Uma vez que você leva o corpo dele no quarto, uma cena mostrará Snake colocando o corpo de Raikov em um armário. Se você olhar de perto, você pode ver rapidamente no lado de dentro um cartaz de Raiden de MGS2 na porta do armário.

Pule o Final (Skip The End)
Na cena quando você vê o Final em uma cadeira de rodas, pegue rápido sua arma (use a sniper rifle se você tiver) e atire na cabeça dele antes que ele volte ao edifício.

Vômitos de Snake (Snake Pukes)
Gire Snake em círculos no menu de cura para fazer Snake vomitar.

As Três Cobras (The Three Snakes)
Na última batalha entre você e The Boss, existem três troncos, confira tudo neles, você deverá encontrar três cobras, totalmente brancas. Os nomes das cobras serão: Snake Liquid, Snake Solidus, and Snake Solid.

Tela de Título Divertida (Title Screen Fun)
Na tela de título o botão L3 muda o padrão do fundo. R1 aumenta a velocidade e R2 reduz a velocidade. L1 troca a silhueta preta do primeiro plano para o fundo e L2 muda a cor da silhueta. L3 muda a cor padrão no fundo.

Filme: Ovo de páscoa (Movie: Easter Egg)
Depois que você saiu da tortura e está em sua cela, extraia o transmissor que está implantado em você com a faca. Quando você chegar a caverna com Eva, você verá uma cena engraçada.